Não sei como é a note de outras corretoras, mas na minha (XP Investimentos), o valor líquido já desconta o IRRF e o calculo do imposto não pode considerar esse IRRF no calculo. Então, se subtraí-lo, está certo.
O que eu costumo fazer é pegar o valor do negócio (bruto) e subtrair o total de taxas operacionais, que considera impostos como ISS, mas não inclui o IRRF na conta. Aí, em cima desse valor, eu aplico a faixa de imposto e só depois subtraio o IRRF.
COmo opero Day Trade, anoto dia a dia numa planilha e faço a apuração sobre os resultados mensais de 3 colunas: resultado brutro, custo total e IRRF.