Olá Daniel!
Para gerar o valor de DARF a ser paga, você deverá calcular os saldos diários e somar todos os valores que forem relativos ao mês de apuração. Logo, deve sim somar os lucros e subtrair os prejuízos do dia. Na declaração, o informado será o saldo mensal, se deu lucro ou prejuízo total do mês.
Com a nossa Calculadora de IR você consegue calcular o imposto de renda a ser pago automaticamente e gerar a DARF, além de ter acesso a relatórios completos, inclusive que te ajudarão a preencher sua declaração de IR. Faça um TESTE GRÁTIS e conheça: https://bit.ly/3OyQQYq.
Sobre sua segunda pergunta, você vira a mão liquidando o que tinha de resultado da primeira entrada. E abre uma operação nova.
Caso tenha permanecido alguma dúvida, nosso time de Suporte está sempre disponível para atendê-lo no comunidade@bussoladoinvestidor.com.